diff --git a/Main_Quality_Relabel.py b/Main_Quality_Relabel.py
index 76d759f..9ca5dc7 100644
--- a/Main_Quality_Relabel.py
+++ b/Main_Quality_Relabel.py
@@ -40,7 +40,7 @@ back_add_second = 60
# 样本编号
sampNo = 670
# 从第几个心晓事件数量开始
-start_bcg_index = 0
+start_bcg_index = 1
if __name__ == '__main__':
parser = argparse.ArgumentParser()
@@ -69,6 +69,6 @@ if __name__ == '__main__':
bcg_frequency=bcg_frequency,
focus_event_list=focus_event_list)
- qualityRelabel.show_all_event(start_bcg_index=opt.start_bcg_index,
+ qualityRelabel.show_all_event(start_bcg_index=opt.start_bcg_index - 1,
front_add_second=opt.front_add_second,
back_add_second=opt.back_add_second)
diff --git a/README.md b/README.md
index 57cd032..4524935 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -4,10 +4,12 @@
```bash
Quality_Relabel 主目录
├── Data 数据
-│ ├── BCG
-│ ├── BCG_label
-│ ├── PSG
-│ └── PSG_label
+│ ├── Artifact_label 体动标签
+│ │ └──20220421Artifact_offset_value.xlsx 体动信号位置相对于心晓信号位置偏移量
+│ ├── BCG 心晓信号
+│ ├── BCG_label 心晓事件标签
+│ ├── PSG PSG信号
+│ └── PSG_label PSG事件标签
├── history 存放历史记录
│ └── history.log 历史记录
├── utils 基本库
@@ -18,9 +20,57 @@ Quality_Relabel 主目录
```
-## 测试数据集
-670 [测试数据集](https://kod.server.marques22.com/#s/799gDeDw)
+
+## 数据来源与格式
+
+### PSG数据
+
+直接从Alice中导出的EDF文件，包括如下通道
+
+| Signal Name | Frequency | Signal Name | Frequency |
+| :---------: | :-------: | :---------: | :-------: |
+| EEG C3-A2 | 200 | Flow T | 200 |
+| EEG C4-A1 | 100 | Flow P | 100 |
+| EEG F3-A2 | 200 | Effort Tho | 200 |
+| EEG F3-A1 | 200 | Effort Abd | 10 |
+| EEG O3-A2 | 200 | SpO2 | 1 |
+| EEG O4-A1 | 200 | RR | 10 |
+| EEG A1-A2 | 200 | ECG I | 200 |
+| EOG Left | 200 | ECG II | 200 |
+| EOG Right | 100 | Leg LEG1 | 200 |
+| EMG Chin | 200 | leg LEG2 | 200 |
+| Snore | 200 | Body | 1 |
+| Imp | 200 | Pleth | 100 |
+| Pluse | 1 | | |
+
+
+
+### 心晓数据
+
+由new_org_1000hz.txt， 通过读取后保存成numpy的npy文件，以加速读取。此份数据为相对于PSG信号对齐，进行过补0与裁剪信号
+
+### PSG标签
+
+从Alice中导出包含所有事件的标签
+
+
+
+### 心晓标签
+
+打标后从Alice中导出，并重新计算标签的epoch、start、end
+
+其中CSA标签为质量打标后的第三次修正的位置
+
+
+
+### 体动标签
+
+每个标签由四行构成, 其中体动位置相对于未经对齐的心晓信号，故增加20220421Artifact_offset_value.xlsx 用于对齐
+
+第一行为第几个事件, 第二行为事件标签编码, 第三行为事件起始点, 第四行为事件终止点
+
+
@@ -34,10 +84,130 @@ Quality_Relabel 主目录
| 3 | 阻塞型呼吸暂停 | 红色 |
| 4 | 混合型呼吸暂停 | 灰色 |
| 5 | 血氧饱和度下降 | 绿色 |
+| 6 | 大体动 | 橙色 |
+| 7 | 小体动 | 橙色 |
+| 8 | 深呼吸 | 橙色 |
+| 9 | 脉冲体动 | 橙色 |
+| 10 | 无效片段 | 橙色 |
-## 示例
+## 依赖库
+
+- pyedflib
+
+- numpy
+
+- pandas
+
+- matplotlib
+
+- tqdm
+
+- pywt
+
+- scipy
+
+如果在windows服务器106上运行直接默认Anaconda环境就已满足
+
+
+
+## 使用方法
+
+### 1. 从PyCharm中运行
+
+首先取消在pycharm的窗口内显示图片
+
+File --> Settings --> Tools --> Python Scientific --> Show plots in tools window **取消勾选**
+
+
+
+打开Main_Quality_Relabel.py
+
+修改
+
+focus_event_list 显示事件
+
+sampNo 样本编号
+
+start_bcg_index 从第几个事件开始显示
+
+
+
+
+
+点击右上角红色方块停止程序
+
+
+
+
+
+### 2. 从命令行运行
+
+最新的代码支持从命令行中传入参数，无需打开pycharm
+
+在代码文件夹的路径栏输入cmd后回车，进入到命令提示符
+
+
+
+
+
+再在命令提示符中运行python 程序名 参数 即可运行
+
+
+
+#### 支持参数
+
+```bash
+usage: Main_Quality_Relabel.py [-h] [-n [SAMPNO]]
+ [-e [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]]]
+ [-i [START_BCG_INDEX]] [-f [FRONT_ADD_SECOND]]
+ [-b [BACK_ADD_SECOND]]
+
+optional arguments:
+ -h, --help show this help message and exit
+ -n [SAMPNO], --sampNo [SAMPNO]
+ 样本编号
+ -e [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]], --event [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]]
+ 显示事件，从[OSA,CSA,MSA,HPY] 选择一个或多个 默认值：OSA
+ -i [START_BCG_INDEX], --start_bcg_index [START_BCG_INDEX]
+ 开始事件序号 默认值：1
+ -f [FRONT_ADD_SECOND], --front_add_second [FRONT_ADD_SECOND]
+ 在事件前添加信号长度 默认值：60
+ -b [BACK_ADD_SECOND], --back_add_second [BACK_ADD_SECOND]
+ 在事件后添加信号长度 默认值：60
+
+```
+
+
+
+#### 命令行示例
+
+##### 1. 打开样本编号为670，查看事件OSA
+
+```bash
+python Main_Quality_Relabel.py -n 670
+```
+
+或
+
+```bash
+python Main_Quality_Relabel.py -n 670 -e OSA
+```
+
+
+
+##### 2. 打开样本编号为703，查看事件OSA、CSA， 从第三个事件开始
+
+```bash
+python Main_Quality_Relabel.py -n 703 -e OSA CSA -i 3
+```
+
+
+
+
+
+## 窗口示例
@@ -67,9 +237,10 @@ Quality_Relabel 主目录
2022-04-15 22：06
- 1. ~~删除了PSG开头部分不存在于心晓中的标签，以后不用计算shifting~~
+1. ~~删除了PSG开头部分不存在于心晓中的标签，以后不用计算shifting~~
2022-04-17 20：00
- 1. 添加命令行传入参数功能
+ 1. ~~添加命令行传入参数功能~~
+ 2. ~~添加显示目前位于第几个~~
diff --git a/graph/Quality_Relabel.svg b/graph/Quality_Relabel.svg
index 257866a..f4cb1ce 100644
--- a/graph/Quality_Relabel.svg
+++ b/graph/Quality_Relabel.svg
@@ -246,9 +246,9 @@
动态连接线.21
-
+
数据.24
- 提取获得 心晓 心晓呼吸 ABD THO Flow T Flow P SpO2
+ 提取获得 心晓 心晓呼吸 ABD THO Flow T Flow P SpO2 体动
@@ -270,29 +270,29 @@
-
+
-
-
- 提取获得
+
+ 提取获得心晓心晓呼吸ABDTHOFlow TFlow PSpO2
-
+ x="24.66" dy="1.2em" class="st4">SpO2体动
+
动态连接线.25
-
+
-
+
动态连接线.26
-
+
-
+
动态连接线.27
-
+
-
+
判定
根据心晓事件个数遍历
@@ -322,7 +322,7 @@
根据心晓事件个数遍历
-
+
开始/结束.30
结束
@@ -352,7 +352,7 @@
结束
-
+
流程.31
获取PSG事件 长度、标签
@@ -382,7 +382,7 @@
获取PSG事件长度、标签
-
+
流程.32
获取心晓事件 长度、标签
@@ -412,7 +412,7 @@
获取心晓事件长度、标签
-
+
流程.33
向前、向后 获取一分钟
@@ -442,7 +442,7 @@
向前、向后获取一分钟
-
+
流程.34
向前、向后 获取一分钟+与PSG信号长度差值/2
@@ -473,7 +473,7 @@
向前、向后获取一分钟+与PSG信号长度差值/2
-
+
流程.36
事件上色标注
@@ -502,7 +502,7 @@
事件上色标注
-
+
流程.38
事件上色标注
@@ -531,7 +531,7 @@
事件上色标注
-
+
流程.39
显示
@@ -560,49 +560,227 @@
显示
-
+
动态连接线.40
-
+
-
+
动态连接线.41
-
+
动态连接线.42
-
+
动态连接线.43
-
+
动态连接线.44
-
+
动态连接线.45
-
+
动态连接线.46
-
+
动态连接线.47
-
+
-
+
动态连接线.48
-
+
-
+
动态连接线.49
-
+
动态连接线.51
-
+
+
+
+ 数据.53
+ 输入体动标签 获取偏移数量
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 输入体动标签获取偏移数量
+
+ 流程.54
+ 重新计算体动片段位置
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 重新计算体动片段位置
+
+ 动态连接线.55
+
+
+
+ 动态连接线.56
+
+
+
+ 动态连接线.57
+
+
+
+ 流程.58
+ 获取体动事件 长度、标签
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 获取体动事件长度、标签
+
+ 流程.59
+ 向前、向后 获取一分钟+与PSG信号长度差值/2
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 向前、向后获取一分钟+与PSG信号长度差值/2
+
+ 流程.60
+ 事件上色标注
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 事件上色标注
+
+ 动态连接线.61
+
+
+
+ 动态连接线.62
+
+
+
+ 动态连接线.63
+
+
+
+ 动态连接线.65
+
diff --git a/graph/Quality_Relabel.vsdx b/graph/Quality_Relabel.vsdx
index 1c6b960..c2fb15c 100644
Binary files a/graph/Quality_Relabel.vsdx and b/graph/Quality_Relabel.vsdx differ
diff --git a/graph/example.png b/graph/example.png
index af5107e..7695f94 100644
Binary files a/graph/example.png and b/graph/example.png differ
diff --git a/utils/Quality_Relabel.py b/utils/Quality_Relabel.py
index 032c85f..78582f9 100644
--- a/utils/Quality_Relabel.py
+++ b/utils/Quality_Relabel.py
@@ -63,12 +63,12 @@ class Quality_Relabel:
# 3 ɫ
# 4 ɫ
# 5 ɫ ѪͶ½
- # 6 ɫ 嶯
- # 7 ɫ С嶯
- # 8 ɫ
- # 9 ɫ 嶯
- # 10 ɫ ЧƬ
- color_cycle = ["black", "pink", "blue", "red", "silver", "green", "yellow", "yellow", "yellow", "yellow", "yellow"]
+ # 6 ɫ 嶯
+ # 7 ɫ С嶯
+ # 8 ɫ
+ # 9 ɫ 嶯
+ # 10 ɫ ЧƬ
+ color_cycle = ["black", "pink", "blue", "red", "silver", "green", "orange", "orange", "orange", "orange", "orange"]
# assert len(color_cycle) == len(base_event) + 1, "¼ɫһ"
@@ -348,7 +348,7 @@ class Quality_Relabel:
# Flow2
plt.subplot(gs[1])
self.plt_channel(plt_=plt, SP=ecg_SP, EP=ecg_EP, channel="Flow P",
- title=f"PSG sampNo:{self.sampNo} Index:{ecg_index}/{len(self.ecg_event_label_df)} "
+ title=f"PSG sampNo:{self.sampNo} Index:{ecg_index+1}/{len(self.ecg_event_label_filtered_df)} "
f"Epoch:{one_ecg_data['Epoch']} Duration:{ecg_duration}")
plt.subplot(gs[2])
@@ -370,7 +370,7 @@ class Quality_Relabel:
event_code=[1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10],
event_show_under=False,
ax_bottom=True,
- title=f" sampNo:{self.sampNo} Index:{bcg_index}/{len(self.bcg_event_label_df)} "
+ title=f" sampNo:{self.sampNo} Index:{bcg_index+1}/{len(self.bcg_event_label_filtered_df)} "
f"Epoch:{one_bcg_data['Epoch']} Duration:{bcg_duration}",
)
@@ -405,11 +405,11 @@ class Quality_Relabel:
if channel == "SpO2":
mask = self.spo2_event_label[SP * self.frequency:EP * self.frequency] == j
elif channel == "orgdata" or channel == "0.7lowpass_resp":
- if j < 4:
+ if j <= 5:
mask = self.bcg_event_label[SP * self.frequency:EP * self.frequency] == j
else:
mask = self.artifact_event_label[SP * self.frequency:EP * self.frequency] == j
- linestyle = "--"
+ linestyle = "-"
else:
mask = self.ecg_event_label[SP * self.frequency:EP * self.frequency] == j