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README.md
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@ -1,5 +1,5 @@
# 预对齐程序使用方法 # 预对齐程序使用方法
![](https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162118570.png) ![](https://cdn.marques22.com/imgs/202310162118570.png)
## 1. 安装与启动 ## 1. 安装与启动
### 1.1 下载程序 ### 1.1 下载程序
@ -26,28 +26,28 @@ numba # 计算加速
## 2. 使用流程 ## 2. 使用流程
### 2.1 默认配置 ### 2.1 默认配置
左上角点击默认配置，选择Default Configuration 左上角点击默认配置，选择Default Configuration
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162130140.png" align="center" height="30%" width="30%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162130140.png" align="center" height="30%" width="30%" >
主要修改`PSG文件夹`和`心晓文件夹`两个选项 主要修改`PSG文件夹`和`心晓文件夹`两个选项
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162130027.png" align="center" height="50%" width="50%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162130027.png" align="center" height="50%" width="50%" >
默认设置会保存在`config.yaml`文件中，下次打开程序会自动读取配置文件 默认设置会保存在`config.yaml`文件中，下次打开程序会自动读取配置文件
### 2.2 选择文件 ### 2.2 选择文件
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162134748.png" align="center" height="30%" width="30%" alt=""> <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162134748.png" align="center" height="30%" width="30%" alt="">
点击`刷新`，自动匹配同时有PSG和心晓数据的患者编号，若仅存在与其中一个文件夹则会不可选中， 点击`刷新`，自动匹配同时有PSG和心晓数据的患者编号，若仅存在与其中一个文件夹则会不可选中，
点击打开，读取完成后会分别显示其对应的时长 点击打开，读取完成后会分别显示其对应的时长
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162137617.png" align="center" height="30%" width="30%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162137617.png" align="center" height="30%" width="30%" >
### 2.3 信号预处理/标准化 ### 2.3 信号预处理/标准化
一般保持默认，直接点击`应用` 一般保持默认，直接点击`应用`
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162138825.png" align="center" height="30%" width="30%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162138825.png" align="center" height="30%" width="30%" >
### 2.4 信号手动对齐/截断 ### 2.4 信号手动对齐/截断
本步骤是为了当遇到较长或较不规则信号时进行手动预处理，一般不需要使用 本步骤是为了当遇到较长或较不规则信号时进行手动预处理，一般不需要使用
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162145279.png" align="center" height="30%" width="30%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162145279.png" align="center" height="30%" width="30%" >
```shell ```shell
PSG_补零: 在PSG信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐 PSG_补零: 在PSG信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐
心晓_补零: 在心晓信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐 心晓_补零: 在心晓信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐
@ -57,22 +57,22 @@ PSG_Post: 对PSG后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信
心晓_Post: 对心晓后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值 心晓_Post: 对心晓后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值
``` ```
对`**_Pre`和`**_Post`的修改后点击应用，图上红线包围的内区间即为相关计算片段 对`**_Pre`和`**_Post`的修改后点击应用，图上红线包围的内区间即为相关计算片段
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162153952.png" align="center" height="80%" width="80%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162153952.png" align="center" height="80%" width="80%" >
点击`计算对齐`，则计算两信号的互相关，计算结果会显示在右侧，计算时长与电脑性能、信号长度有关，一般在1-2分钟左右，程序可能进入无响应阶段，不要关闭程序，等待即可 点击`计算对齐`，则计算两信号的互相关，计算结果会显示在右侧，计算时长与电脑性能、信号长度有关，一般在1-2分钟左右，程序可能进入无响应阶段，不要关闭程序，等待即可
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162202532.png" align="center" height="80%" width="80%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162202532.png" align="center" height="80%" width="80%" >
点击`读取对齐`，则从保存的结果中读取最近的一次记录进行显示 点击`读取对齐`，则从保存的结果中读取最近的一次记录进行显示
### 2.5 选取对齐点 ### 2.5 选取对齐点
本步骤是选择自动计算或手动输入PSG信号和心晓起始点之间的距离 本步骤是选择自动计算或手动输入PSG信号和心晓起始点之间的距离
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162203974.png" align="center" height="30%" width="30%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162203974.png" align="center" height="30%" width="30%" >
四个结果数据的集中程度，一定程度上反映了信号是否容易预对齐 四个结果数据的集中程度，一定程度上反映了信号是否容易预对齐
+ 正数表示心晓开机比PSG晚，PSG需要剔除前面若干个点，或者心晓信号需要在前面补充若干个零 + 正数表示心晓开机比PSG晚，PSG需要剔除前面若干个点，或者心晓信号需要在前面补充若干个零
+ 负数表示心晓开机比PSG早，PSG需要在前面补充若干个零，或者心晓信号需要剔除前面若干个点 + 负数表示心晓开机比PSG早，PSG需要在前面补充若干个零，或者心晓信号需要剔除前面若干个点
直接选择出现值较靠近的点，如上图可选择`24750`或`24733`，可以看到大体动基本对齐，若采样率或其他因素， 直接选择出现值较靠近的点，如上图可选择`24750`或`24733`，可以看到大体动基本对齐，若采样率或其他因素，
会有其他区间不能对齐的情况，或者肉眼不能从大体动分辨出来的情况。接下来进行片段级复核。 会有其他区间不能对齐的情况，或者肉眼不能从大体动分辨出来的情况。接下来进行片段级复核。
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162212400.png" align="center" height="80%" width="80%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162212400.png" align="center" height="80%" width="80%" >
### 2.6 片段级观测 ### 2.6 片段级观测
@ -81,9 +81,9 @@ PSG_Post: 对PSG后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信
右侧从上到下分别为PSG中的胸带信号呼吸间期，心晓中呼吸努力信号呼吸间期，PSG中的腹带信号呼吸间期 右侧从上到下分别为PSG中的胸带信号呼吸间期，心晓中呼吸努力信号呼吸间期，PSG中的腹带信号呼吸间期
**对齐标准**有两个取其一或并用即可 **对齐标准**有两个取其一或并用即可
1. 信号体动位置一致(可以存在偏移只要变化一致即可) 1. 信号体动位置一致(可以存在偏移只要变化一致即可)
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162215819.png" align="center" height="80%" width="80%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162215819.png" align="center" height="80%" width="80%" >
2. 呼吸间期一致(可以存在偏移只要变化一致即可) 2. 呼吸间期一致(可以存在偏移只要变化一致即可)
<img src="https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162216347.png" align="center" height="80%" width="80%" > <img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162216347.png" align="center" height="80%" width="80%" >
### 2.7 保存结果 ### 2.7 保存结果
在符合上述条件的情况下，点击`保存`，会在当前程序下同级目录生成或追加`RespCoarseAlignInfo.csv`文件，记录对齐结果 在符合上述条件的情况下，点击`保存`，会在当前程序下同级目录生成或追加`RespCoarseAlignInfo.csv`文件，记录对齐结果
@ -96,4 +96,5 @@ PSG_Post: 对PSG后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信
~~todo1: 将相关计算分段计算，减少程序卡顿~~ 已实现 ~~todo1: 将相关计算分段计算，减少程序卡顿~~ 已实现
~~todo2: 将程序编译为exe文件，减少安装依赖的过程~~ 已实现 ~~todo2: 将程序编译为exe文件，减少安装依赖的过程~~ 已实现
~~todo3: 加入可控选择CPU数量或占用百分比，避免造成电脑卡顿~~ 后者较难实现，暂行搁置 ~~todo3: 加入可控选择CPU数量或占用百分比，避免造成电脑卡顿~~ 后者较难实现，暂行搁置
todo4: 缩小程序文件大小 todo4: 缩小程序文件大小
todo5: 程序退出后，进程清理不干净