diff --git a/README.md b/README.md index 12e8a92..72b294f 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,2 +1,87 @@ -# RespCoarseAlignment +# 预对齐程序使用方法 +![](https://pics-cloud.6277837.xyz/imgs/202310162118570.png) +## 1. 环境配置 +### 1.1. 安装依赖 +```shell +pip install -r requirementsg.txt +``` +使用到的库有: +```shell +numpy # 矩阵计算 数据处理 +pandas # 数据读取 表格处理 +scipy # 信号处理 +pyedflib # edf文件读取 +matplotlib # 画图 +pySide6 # GUI +pyyaml # 配置文件管理 +numba # 计算加速 +``` +## 2. 使用流程 +### 2.1. 默认配置 +左上角点击默认配置,选择Default Configuration + +主要修改`PSG文件夹`和`心晓文件夹`两个选项 + +默认设置会保存在`config.yaml`文件中,下次打开程序会自动读取配置文件 + +### 2.2. 选择文件 + + + +点击`刷新`,自动匹配同时有PSG和心晓数据的患者编号,若仅存在与其中一个文件夹则会不可选中, +点击打开,读取完成后会分别显示其对应的时长 + + + +### 2.3 信号预处理/标准化 +一般保持默认,直接点击`应用` + + + +### 2.4 信号手动对齐/截断 +本步骤是为了当遇到较长或较不规则信号时进行手动预处理,一般不需要使用 + +```shell +PSG_补零: 在PSG信道前面补充若干个零,单位为点的个数,对于计算无影响,仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐 +心晓_补零: 在心晓信道前面补充若干个零,单位为点的个数,对于计算无影响,仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐 +PSG_Pre: 对PSG前端截断若干个点,单位为点的个数,仅计算截断点开始到信号结束的部分的互相关取值 +心晓_Pre: 对心晓前端截断若干个点,单位为点的个数,仅计算截断点开始到信号结束的部分的互相关取值 +PSG_Post: 对PSG后端截断若干个点,单位为点的个数,仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值 +心晓_Post: 对心晓后端截断若干个点,单位为点的个数,仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值 +``` +对`**_Pre`和`**_Post`的修改后点击应用,图上红线包围的内区间即为相关计算片段 + + +点击`计算对齐`,则计算两信号的互相关,计算结果会显示在右侧,计算时长与电脑性能、信号长度有关,一般在1-2分钟左右,程序可能进入无响应阶段,不要关闭程序,等待即可 + +点击`读取对齐`,则保存的结果中读取,读取最近的一次记录进行显示 + +### 2.5 选取对齐点 +本步骤是选择自动计算或手动输入PSG信号和心晓起始点之间的距离 + +四个结果数据的集中程度,一定程度上反映了信号是否容易预对齐 ++ 正数表示心晓开机比PSG晚,PSG需要剔除前面若干个点,或者心晓信号需要在前面补充若干个零 ++ 负数表示心晓开机比PSG早,PSG需要在前面补充若干个零,或者心晓信号需要剔除前面若干个点 + +直接选择出现值较靠近的点,如上图可选择`24750`或`24733`,可以看到大体动基本对齐,若采样率或其他因素, +会有其他区间不能对齐的情况,或者肉眼不能从大体动分辨出来的情况。接下来进行片段级复核。 + + + +### 2.6 片段级观测 +直接点击`跳转`进行局部观测 +左侧从上到下分别为PSG中的胸带信号THO,心晓中呼吸努力信号RESP,PSG中的腹带信号ABD +右侧从上到下分别为PSG中的胸带信号呼吸间期,心晓中呼吸努力信号呼吸间期,PSG中的腹带信号呼吸间期 +对齐标准有两个取其一或并用即可 +1. 信号体动位置一致(可以存在偏移只要变化一致即可) + +2. 呼吸间期一致(可以存在偏移只要变化一致即可) + + +### 2.7 保存结果 +在符合上述条件的情况下,点击`保存`,会在当前程序下同级目录生成或追加`RespCoarseAlignInfo.csv`文件,记录对齐结果 + +bug0: setting.yaml 不存在时程序无法打开 +bug1: 预置截断时,选点后图显示不准确 +bug2: 自定义起始位置spinbox编辑未结束会进行计算 diff --git a/requirements.txt b/requirements.txt index 42b8b4e..43a0956 100644 --- a/requirements.txt +++ b/requirements.txt @@ -1,4 +1,4 @@ -python >=3.9 +python>=3.9 numpy pandas scipy