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# Quality_Relabel
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## 文件目录
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```bash
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Quality_Relabel 主目录
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├── Data 数据
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│ ├── Artifact_label 体动标签
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│ │ └──20220421Artifact_offset_value.xlsx 体动信号位置相对于心晓信号位置偏移量
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│ ├── BCG 心晓信号
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│ ├── BCG_label 心晓事件标签
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│ ├── PSG PSG信号
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│ └── PSG_label PSG事件标签
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├── history 存放历史记录
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│ └── history.log 历史记录
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├── utils 基本库
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│ ├── Preprocessing.py BCG数据处理工具库
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│ └── Prepare_Data.py 数据集加载与处理
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├── Main_Quality_Relabel.py 启动入口
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└── README.md 项目说明
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```
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## 数据来源与格式
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### PSG数据
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直接从Alice中导出的EDF文件，包括如下通道
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| Signal Name | Frequency | Signal Name | Frequency |
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| :---------: | :-------: | :---------: | :-------: |
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| EEG C3-A2 | 200 | Flow T | 200 |
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| EEG C4-A1 | 100 | Flow P | 100 |
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| EEG F3-A2 | 200 | Effort Tho | 200 |
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| EEG F3-A1 | 200 | Effort Abd | 10 |
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| EEG O3-A2 | 200 | SpO2 | 1 |
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| EEG O4-A1 | 200 | RR | 10 |
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| EEG A1-A2 | 200 | ECG I | 200 |
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| EOG Left | 200 | ECG II | 200 |
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| EOG Right | 100 | Leg LEG1 | 200 |
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| EMG Chin | 200 | leg LEG2 | 200 |
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| Snore | 200 | Body | 1 |
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| Imp | 200 | Pleth | 100 |
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| Pluse | 1 | | |
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### 心晓数据
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由new_org_1000hz.txt， 通过读取后保存成numpy的npy文件，以加速读取。此份数据为相对于PSG信号对齐，进行过补0与裁剪信号
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### PSG标签
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从Alice中导出包含所有事件的标签
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<img src="graph/PSG_Label_example.png" style="zoom: 80%;" />
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### 心晓标签
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打标后从Alice中导出，并重新计算标签的epoch、start、end
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其中CSA标签为质量打标后的第三次修正的位置
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<img src="graph/BCG_Label_example.png" style="zoom: 80%;" />
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### 体动标签
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每个标签由四行构成, 其中体动位置相对于未经对齐的心晓信号，故增加20220421Artifact_offset_value.xlsx 用于对齐
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第一行为第几个事件, 第二行为事件标签编码, 第三行为事件起始点, 第四行为事件终止点
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<img src="graph/artifact_Label_example.png" style="zoom: 100%;" />
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## 上色规则
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| 事件代码 | 事件 | 颜色 |
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| :------: | :------------: | :--: |
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| 0 | 背景 | 黑色 |
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| 1 | 低通气 | 粉色 |
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| 2 | 中枢性呼吸暂停 | 蓝色 |
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| 3 | 阻塞型呼吸暂停 | 红色 |
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| 4 | 混合型呼吸暂停 | 灰色 |
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| 5 | 血氧饱和度下降 | 绿色 |
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| 6 | 大体动 | 橙色 |
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| 7 | 小体动 | 橙色 |
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| 8 | 深呼吸 | 橙色 |
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| 9 | 脉冲体动 | 橙色 |
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| 10 | 无效片段 | 橙色 |
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## 依赖库
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- pyedflib
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- numpy
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- pandas
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- matplotlib
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- tqdm
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- pywt
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- scipy
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如果在windows服务器106上运行直接默认Anaconda环境就已满足
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## 使用方法
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### 1. 从PyCharm中运行
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首先取消在pycharm的窗口内显示图片
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File --> Settings --> Tools --> Python Scientific --> Show plots in tools window **取消勾选**
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打开Main_Quality_Relabel.py
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修改
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focus_event_list 显示事件
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sampNo 样本编号
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start_bcg_index 从第几个事件开始显示
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<img src="graph/pycharm_example.png" style="zoom: 80%;" />
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点击右上角红色方块停止程序
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<img src="graph/pycharm_close.png" style="zoom: 100%;" />
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### 2. 从命令行运行
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最新的代码支持从命令行中传入参数，无需打开pycharm
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在代码文件夹的路径栏输入cmd后回车，进入到命令提示符
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<img src="graph/cmd_example.png" style="zoom: 100%;" />
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再在命令提示符中运行python 程序名 参数 即可运行
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<img src="graph/cmd_example2.png" style="zoom: 100%;" />
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#### 支持参数
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```bash
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usage: Main_Quality_Relabel.py [-h] [-n [SAMPNO]]
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[-e [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]]]
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[-i [START_BCG_INDEX]] [-f [FRONT_ADD_SECOND]]
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[-b [BACK_ADD_SECOND]]
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optional arguments:
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-h, --help show this help message and exit
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-n [SAMPNO], --sampNo [SAMPNO]
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样本编号
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-e [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]], --event [{OSA,CSA,MSA,HPY} [{OSA,CSA,MSA,HPY} ...]]
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显示事件，从[OSA,CSA,MSA,HPY] 选择一个或多个 默认值：OSA
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-i [START_BCG_INDEX], --start_bcg_index [START_BCG_INDEX]
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开始事件序号 默认值：1
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-f [FRONT_ADD_SECOND], --front_add_second [FRONT_ADD_SECOND]
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在事件前添加信号长度 默认值：60
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-b [BACK_ADD_SECOND], --back_add_second [BACK_ADD_SECOND]
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在事件后添加信号长度 默认值：60
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```
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#### 命令行示例
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##### 1. 打开样本编号为670，查看事件OSA
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```bash
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python Main_Quality_Relabel.py -n 670
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```
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或
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```bash
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python Main_Quality_Relabel.py -n 670 -e OSA
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```
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##### 2. 打开样本编号为703，查看事件OSA、CSA， 从第三个事件开始
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```bash
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python Main_Quality_Relabel.py -n 703 -e OSA CSA -i 3
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```
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## 记录保存
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程序的日志输出将保存到history/[日期].log文件夹下，可以通过查看日志，获取之前打标位置
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<img src="graph/log_example.png" style="zoom: 100%;" />
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## 窗口示例
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<img src="graph/example.png" style="zoom: 80%;" />
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## 注意事项
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<img src="graph/note.png" style="zoom: 80%;" />
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## 程序流程框图
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## TODO
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2022-03-27 22：27
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1. ~~完成启动入口(预计半天)~~
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2. ~~完成参数说明(预计半天)~~
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3. ~~导出PSG所有标签(额外的工作)~~
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4. ~~迁移BCG标签，中文字符切换目前已经完成目前存在ubuntu，需要文件重命名(预计一小时)~~
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5. ~~完成日志记录模块(预计半天)~~
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2022-04-15 22：06
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1. ~~删除了PSG开头部分不存在于心晓中的标签，以后不用计算shifting~~
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2022-04-17 20：00
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1. ~~添加命令行传入参数功能~~
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2. ~~添加显示目前位于第几个~~
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