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# 预对齐程序使用方法
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## 1. 安装与启动
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### 1.1 下载程序
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下载地址：[RespCoarseAlignV1.0.exe](/attachments/a1a22506-3847-4f98-af75-0c2f8990c039)
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下载后直接运行
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### 1.2 从开发环境运行
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安装依赖
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```shell
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pip install -r requirementsg.txt
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```
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使用到的库有：
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```shell
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numpy # 矩阵计算 数据处理
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pandas # 数据读取 表格处理
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scipy # 信号处理
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pyedflib # edf文件读取
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matplotlib # 画图
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pySide6 # GUI
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pyyaml # 配置文件管理
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numba # 计算加速
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```
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## 2. 使用流程
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### 2.1 默认配置
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左上角点击默认配置，选择Default Configuration
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162130140.png" align="center" height="30%" width="30%" >
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主要修改`PSG文件夹`和`心晓文件夹`两个选项
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162130027.png" align="center" height="50%" width="50%" >
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默认设置会保存在`config.yaml`文件中，下次打开程序会自动读取配置文件
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### 2.2 选择文件
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162134748.png" align="center" height="30%" width="30%" alt="">
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点击`刷新`，自动匹配同时有PSG和心晓数据的患者编号，若仅存在与其中一个文件夹则会不可选中，
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点击打开，读取完成后会分别显示其对应的时长
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162137617.png" align="center" height="30%" width="30%" >
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### 2.3 信号预处理/标准化
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一般保持默认，直接点击`应用`
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162138825.png" align="center" height="30%" width="30%" >
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### 2.4 信号手动对齐/截断
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本步骤是为了当遇到较长或较不规则信号时进行手动预处理，一般不需要使用
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162145279.png" align="center" height="30%" width="30%" >
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```shell
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PSG_补零: 在PSG信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐
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心晓_补零: 在心晓信道前面补充若干个零，单位为点的个数，对于计算无影响，仅为了信号无法自动对齐时进行人眼粗略大体动对齐
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PSG_Pre: 对PSG前端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算截断点开始到信号结束的部分的互相关取值
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心晓_Pre: 对心晓前端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算截断点开始到信号结束的部分的互相关取值
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PSG_Post: 对PSG后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值
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心晓_Post: 对心晓后端截断若干个点，单位为点的个数，仅计算信号开始(截断开始)到截断点结束的部分的互相关取值
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```
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对`**_Pre`和`**_Post`的修改后点击应用，图上红线包围的内区间即为相关计算片段
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162153952.png" align="center" height="80%" width="80%" >
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点击`计算对齐`，则计算两信号的互相关，计算结果会显示在右侧，计算时长与电脑性能、信号长度有关，一般在1-2分钟左右，程序可能进入无响应阶段，不要关闭程序，等待即可
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162202532.png" align="center" height="80%" width="80%" >
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点击`读取对齐`，则从保存的结果中读取最近的一次记录进行显示
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### 2.5 选取对齐点
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本步骤是选择自动计算或手动输入PSG信号和心晓起始点之间的距离
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162203974.png" align="center" height="30%" width="30%" >
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四个结果数据的集中程度，一定程度上反映了信号是否容易预对齐
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+ 正数表示心晓开机比PSG晚，PSG需要剔除前面若干个点，或者心晓信号需要在前面补充若干个零
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+ 负数表示心晓开机比PSG早，PSG需要在前面补充若干个零，或者心晓信号需要剔除前面若干个点
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直接选择出现值较靠近的点，如上图可选择`24750`或`24733`，可以看到大体动基本对齐，若采样率或其他因素，
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会有其他区间不能对齐的情况，或者肉眼不能从大体动分辨出来的情况。接下来进行片段级复核。
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162212400.png" align="center" height="80%" width="80%" >
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### 2.6 片段级观测
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直接点击`跳转`进行局部观测
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左侧从上到下分别为PSG中的胸带信号THO，心晓中呼吸努力信号RESP，PSG中的腹带信号ABD
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右侧从上到下分别为PSG中的胸带信号呼吸间期，心晓中呼吸努力信号呼吸间期，PSG中的腹带信号呼吸间期
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**对齐标准**有两个取其一或并用即可
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1. 信号体动位置一致(可以存在偏移只要变化一致即可)
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162215819.png" align="center" height="80%" width="80%" >
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2. 呼吸间期一致(可以存在偏移只要变化一致即可)
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<img src="https://cdn.marques22.com/imgs/202310162216347.png" align="center" height="80%" width="80%" >
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### 2.7 保存结果
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在符合上述条件的情况下，点击`保存`，会在当前程序下同级目录生成或追加`RespCoarseAlignInfo.csv`文件，记录对齐结果
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~~bug0: setting.yaml 不存在时程序无法打开~~ 已修复
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~~bug1: 预置截断时，选点后图显示不准确~~ 已修复
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~~bug2: 自定义起始位置spinbox编辑未结束会进行计算~~ 已修复
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~~todo1: 将相关计算分段计算，减少程序卡顿~~ 已实现
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~~todo2: 将程序编译为exe文件，减少安装依赖的过程~~ 已实现
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~~todo3: 加入可控选择CPU数量或占用百分比，避免造成电脑卡顿~~ 后者较难实现，暂行搁置
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todo4: 缩小程序文件大小
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todo5: 程序退出后，进程清理不干净 |